启东市第二中等专业学校开设了建筑工程施工、工程造价、会计、会计电算化、机电技术应用、计算机应用、计算机网络、市场营销、旅游服务与管理、服装设计、美术、数控技术应用、机械加工技术、电子与信息技术、汽车制造与维修等15个专业。拥有3个江苏省品牌专业（会计、计算机应用、机械加工技术）、2个江苏省示范专业（会计、计算机应用），1个南通市公共实训基地（机械实训中心）。

启东市第二中等专业学校服务地方经济，坚持市场调研对接专业设置，以“双师”型队伍建设提高教学质量，以课程改革打造专业品牌，以技能训练培养学生能力。2005年以来，在各级各类技能大赛中，学生先后获得奖牌535枚。特别是2016年，学校“金牌数、奖牌数、总分数”全面超2015年，总成绩再创学校历史新高。

启东市第二中等专业学校对口高考录取率和本科录取人数连续十多年南通领先，先后有6500多名学生被省内高校录取。2013年，567人参考，本科上线224人，本科上线率39.51%。其中，计算机专业有一个班40人全部录取本科，被誉为启东教育史上最牛的班级。2014年，431名参考，本科上线238名，本科率55.22%。 2015年，388人参考，本科上线205 人，本科率52.84%。我校被评为“启东市对口单招特色学校”。