南京健康技工学校开设护理、中药、康复保健、幼儿教育、航空服务、城市轨道交通运输与管理、计算机游戏制作（电子竞技方向）等7个特色专业，形成了以幼教为特色，以医药为主体，交通服务、电子竞技等多专业协调发展的专业建设格局，培养了一大批高素质、高技能的专业技术人才。

学校坚持开放办学的基本方针，实施校际协同育人和校企合作办学机制。与多所普通高等学校，建立了中高职分段培养合作模式；并且与韩国顺天乡大学建立了合作关系，在教师互派、学生交流、课程共建、留学项目等方面开展交流与合作。此外，学校与上海长海医院、南京同仁医院、南京空军小白鸽幼儿园、南京东方剑桥幼教集团、南京金宝宝幼教集团、南京药业股份有限公司、南京同仁堂药业有限公司等近百家企事业单位建立了合作关系，在人才培养、生产服务、学生创业就业等方面开展合作，实现校企联合育人。

南京健康技工学校坚持依法办学、诚信办学、规范办学、开放办学，弘扬以人为本、精益求精的职教文化，秉承“尚德精技，怀远致公”的校训，实施“质量立校，人才强校，特色兴校，专家治校”发展战略，强化应用型人才培养，办学水平和人才培养质量得到社会普遍认可。学校先后获得南京综合管理先进单位、南京市高技能大赛优秀承办基地、全国医护英语水平考试优秀考点、南京市大中学生社会实践先进单位等荣誉称号。